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1 概述1

1.1 信息系统概述2

1.2 化学信息系统概况3

1.2.1 化学信息系统的主要类型3

1.2.2 用户界面15

2 化学信息的开放19

2.1 信息系统的开放20

2.1.1 信息的保护与开放20

2.1.2 期刊文献数据库的开放机制24

2.1.3 开源软件的开放机制25

2.1.4 生物信息学的发展29

2.2 化学信息的开放发展30

2.2.1 数据文件格式31

2.2.2 软件与编程语言34

2.2.3 新的环境与平台37

3 信息系统设计基础39

3.1 网络应用发展历程40

3.1.1 从远程网到因特网40

3.1.2 从桌面应用程序到网络应用程序41

3.1.3 从远程登录到C/S和B/S模式42

3.1.4 从文件服务器到数据库服务器44

3.1.5 从分布式到网格和云45

3.2 网络运行环境47

3.2.1 网络通信协议48

3.2.2 服务器的软件环境53

3.2.3 客户端的软件环境61

3.3 软件开发技术66

3.3.1 开源软件开发技术67

3.3.2 开源软件标准化67

3.3.3 网络应用程序的开发71

3.4 内容管理系统96

3.4.1 角色划分97

3.4.2 功能类型98

3.4.3 设计模式99

3.4.4 开源选择99

3.4.5 应用需求与发展102

4 化学信息数据的结构与算法105

4.1 化学图谱106

4.1.1 图谱文件与数据库106

4.1.2 图谱检索算法112

4.2 分子结构120

4.2.1 分子拓扑结构的表达121

4.2.2 分子结构的检索与匹配136

4.3 化学反应152

4.3.1 化学反应的表达152

4.3.2 反应物与产物的关系157

4.4 南开软件开发包163

4.4.1 图谱通用数据处理开发包163

4.4.2 有机分子拓扑结构开发包165

5 化学信息系统的开发实例167

5.1 化学信息导航系统168

5.1.1 设计与开发路线168

5.1.2 系统构成与功能169

5.1.3 Mashup开发模式174

5.2 核磁共振谱仪管理系统179

5.2.1 功能设计179

5.2.2 开发技术182

5.2.3 其他配套措施186

5.3 有机结构与反应查询系统187

5.3.1 功能分析188

5.3.2 开发技术190

5.3.3 计算机辅助有机合成200

5.4 虚拟组合分子库系统205

5.4.1 衍生策略205

5.4.2 机制与流程208

5.4.3 开发技术209

5.4.4 商业软件214

5.5 其他化学信息系统217

6 新技术与应用的展望221

6.1 复杂信息协议222

6.2 富应用程序226

6.3 从软件到服务228

参考文献230